Mısır mitolojisi/dini genel olarak politeistik-henoteistik bir yapıdadır, zaman zaman monoteistik bir yapıya da sahip olmuştur.
Erken dönem inançlar beş farklı gruba ayrılabilir:
Heliopolis'in dokuz tanrısı, Ennead. Bunların baş tanrısı Atum'du.
Hermopolis'in sekiz tanrısı, Ogdoad. Bunların baş tanrısı Ra idi.
Elefantin'in üç tanrısı/üçlemesi, Chnum-Satet-Anuket. Bunların baş tanrısı Chnum'du.
Tebes'in üç tanrısı/üçlemesi, Amun-Mut-Chons. Bunların baş tanrısı Amun'du.
Memfis'in üç tanrısı/üçlemesi, Ptah-Sekhmet-Nefertem. Diğerlerinden farklı olarak, üç tanrıdan hiçbirinin üçleme oluşana kadar bir bağlantısı olduğuna inanılmıyordu. Bunların baş tanrısı Ptah'dı.
Mısır'ın kompleks ve uzun tarihi süreci boyunca, Antik Mısırlıların inançları, farklı bölge, ırk ve gruplardan çıkan liderlerin arzu ve inançlarıyla birleşerek belli süreçlerden geçmiş, bazı önemli kavramlar birbirinde erirken bazıları kaybolmuştur. Antik Mısır uygarlığının çöküşünden sonra bile bu değişim süreci devam etmiştir. Örneğin, Yeni Krallık döneminde Ra ve Amun birleşerek Amun-Ra olmuştur ki bu birleşme ve tek bir tanrı haline gelme senkretizm olarak tanımlanır. Tarihi süreç içinde tanrılar birden çok senkretik ilişkinin içinde yer almışlardır, örneğin Ra ve Horus'un Ra-Herakty'yi oluşturması gibi. Fakat bu tür senkretik ilişkilerde dahi, orijinal tanrılar birleşmiş tek tanrının içinde tamamen kaybolmamış, bireysel varlıklarını kaybetmemişler, fakat bireysel varlıkları zayıflamış ve önemsizleşmiştir. Ayrıca, zaman zaman bu senkretik ilişkiler ikiden çok tanrıyı içermiştir, örneğin, Ptah, Seker ve Osiris birleşip Ptah-Seker-Osiris`i oluşturmuşlardır. Tanrıçalar da benzer bir süreçlerden geçmişlerdir. Ayrıca, bazen resmi veya duyurulmuş bir senkretizm olmasa da bazı tanrıların çeşitli özellikleri bir başkasınınkiyle yakından ilişkilendirilmiş, özdeşleşmiştir. Örneğin, tanrıçalardan Hathor ve İsis'in (zayıf) ilişkilendirilmesi gibi.
Antik Mısır dininin ilginç bir yönü tanrı ve tanrıçaların bazen farklı ve çelişkili rol ve özelliklere sahip olmasıdır. Bunun bir örneği, aslan tanrıça Sekhmet'te bulunur. Başta Ra tarafından kendisine (Ra'ya) karşı çıkmış insanları avlayarak cezalandırması için gönderilmiş olan Sekhmet daha sonraları krallığın, genel olarak hayatın ve hastaların koruyucusu olmuştur. Daha karışık bir roller bütünü ise Set'e aittir. Modern bir bakış açısından, Set rahatlıkla kötülüğün kaynağı olarak tanımlanabilir, özellikle de Osiris ile olan ilişkisi nedeniyle. Fakat bu erken dönem mitolojisine bakınca çok yanlış bir yorumdur, zira erken dönemlerde Set, Ra'nın hizmetinde, Apep'i yok eden ve böylece de Ma'at'ı (Hakikat, Adalet ve Ahenk) devamlı kılan, destekleyen bir tanrıydı.
SetHer ne kadar sonuç olarak genel bir bakış açısıyla, Antik Mısır dininin ilahi sisteminin bütünü politeistik veya henoteistik bir yapı gösterse de, kendi içinde farklı dönem ve bölgelerde farklı teizm biçimleri içermiştir. Genellikle henoteistik bir doğaya sahip olan inanış, Akhenaten tarafından ortaya konduktan sonra bazı noktalarda monoteizme dahi dönüşmüştür. Antik Mısır inancını belirli bir teistik biçimde ele almak sakıncalıdır. Ayrıca, genel kanının aksine Mısır uygarlığının çöküş döneminde monoteizme karşı bir yönelim yoktu. Aslında, bu Greko-Romen dönemin delilerine göre, senkretizm hâlâ devam etse de, özellikle Mısırlı olmayan tanrılarla Mısırlı tanrılar arasında, birçok tanrı hâlâ kabul görmekte ve tapınılmaktaydı. Ayrıca bu dönemlerde Mısır inancı farklı bölgelere yayılmış ve özellikle Roma inancını etkilemiştir.