Kahvenin içinde kafein adı verilen özel bir alkoloid bulunur. Bitkisel kökenli bir uyarıcı kimyasal olan kafein, beyin ve sinir sistemi üzerinde hızlandırıcı bir etkiye sahiptir. Nöronların uyarılma eşiğini düşürerek, sinirsel uyarılmayı arttırır.
Adenozin olarak bilinen bir şeker, beyinde belirli almaçlara bağlanarak sinir aktivitesini yavaşlatır. Kafein, adenozinin yerine bu almaçlara bağlanarak, uyku halinin ortadan kalkmasına neden olur. Kafein tarafından işgal edilen almaçlara adenozin bağlanamaz ve hücreler yavaşlamak yerine hızlandırılmış bir etkinliğe girer. Kahve içildiğinde uyku açılmasının yanı sıra kalp atışlarında hızlanma, daha fazla idrar üretimi (kafein aynı zamanda etkili bir diüretiktir), vücut ısısında yükselme ve sindirim sisteminde daha fazla asit salgılanması gibi etkiler de görülür. Bunların nedeni, sinir uyartısında kafein nedeniyle görülen azalmanın hipofiz bezini harekete geçirmesidir. Sinir uyartısını düzene sokmak amacıyla adrenalin salgısı başlatılır ve bunun sonucunda da yukarıda sözünü ettiğimiz etkiler ortaya çıkar. Daha yüksek miktarlarda kafein alımı ise başağrısı, sinir bozukluğu ve uyuma zorluğu gibi rahatsızlıklara yol açabilir.
Bazı ilaçların (özellikle ateş düşürücü ve ağrı kesici özellikte olanların) içeriğinde kafein bulunmaktadır. Bunun nedeni de kafeinin adenozin almaçlarına bağlanma özelliğidir. Adenozin aynı zamanda beyne giden kan damarlarını açıcı bir özelliğe sahiptir (muhtemelen uyku halinde yeterli oksijenin alımı için). Kafein bu etkiyi de ortadan kaldırarak kan damarlarında daralmaya ve rahatlamaya neden olur.